在上两期文章中，小编给大家介绍了高分辨质谱在抗体类药物表征中的方法设置，今天我们将继续带来满满的干货——一款功能强大的生物制药分析软件BioPharma Finder 3.1，能够将复杂的质谱数据以简洁而丰富的报告呈现，更加快速的获得高可信度的实验结果。

BioPharma Finder软件简介

由国际领先生物制药公司Amgen和ThermoFisher共同开发的，为生物制药公司量身定做的生物药物表征分析软件，用于解析蛋白及核酸的完整和亚基分子量，蛋白Top-Down实验数据，氨基酸序列及翻译后修饰的定性和定量，分析氢氘交换数据用于蛋白空间结构确证，以及与变色龙软件(Chromeleon)无缝衔接完成Multi Attribute Method（MAM）工作流程。

在软件主页面中有四个模块（见图1），蛋白序列管理及三种蛋白分析流程，实现工作流程驱动的实验创建、数据处理和结果展示。

图1：BioPharma Finder 3.1软件主页面

1．快速测定生物治疗药物的完整蛋白、轻重链及亚基分子量，进行分子量确认和表征。

2．快速进行目标蛋白序列及常见修饰（如N-糖基化）的匹配和相对定量。

3．新的滑动窗口算法，增强对低丰度成分的解析，可更加准确的测定ADC药物DAR值。

4．不同样品/批次间分子量结果的比较（修饰含量对比柱状图，镜像对比等）。

1．用全新的MS2 预测算法给出肽段的理论二级谱图，并模拟碎片离子的相对强度，为肽段序列匹配提供更高的可信度。

2．鉴别、定量预期和未知翻译后修饰，如具有挑战性的N、O糖肽、糖型的鉴定。

3．快速的二硫键解析（包括正确及错配）。

4．检测低含量杂质和序列变异体。

5．氨基酸突变分析。

6．de novo 从头测序进行未知成分解析。

7．不同条件/样品肽图覆盖度、翻译后修饰等对比分析。

1．简单的工作流程, 以ProSightBP为核心算法, 对完整蛋白分子的碎片进行准确鉴定。

2．使用组合交互式碎片覆盖图进行多个原始文件的比较。

3．支持多种碎裂模式，包括 CID、HCD、ETD、EThcD 和 UVPD，使完整蛋白质序列覆盖度最大化。

BioPharma Finder软件将生物产品解析以流程化模式呈现，包含完整且强大的表征分析功能，以更高的生产率和可靠性筛选、鉴别并表征样品，有效提高分析人员工作效率，缩短产品研发周期。在最新的BioPharma Finder 3.1版本中，为更加契合客户的需求，我们将研发与QC进行无缝衔接，加入MAM（多属性监测）工作流程，除此之外，在完整蛋白及肽图分析中也加入了新功能。

BioPharma Finder 3.1更新功能

1．BioPharma Finder中新的Intact工作列表易于和 Chromeleon （用于QC放行监测）之间无缝衔接 (目标成分和处理方法参数)。

2．更好地管理滑动窗口数据处理, 降低计算机上存储结果的大小，从而减少磁盘空间的使用。

1．发现和监控不同批次样品中的多种预设或未知属性（如氧化修饰），并进行相对定量和可视化展示，如下图。

2．设定目标产品质量属性（PQA’s），对大量样品进行快速鉴定和定量（只针对目标PQA）；

•Step1．选中目标PQA并制成Peptide Workbook；

•Step2．对大量不同批次/样品的目标PQA进行监测，如下图。

3．新增注释列，允许用户在数据审查期间实时记录结果。

4．在鉴定列表中新增Best Overall Average Structural Resolution，可对肽段二级碎片离子覆盖度进行快速筛选，无需对每条肽段进行人工查看，如筛选值为1.0，则代表该肽段的每个氨基酸都有碎片离子进行确证。

5．使用新的肽段工作簿，实现与 Chromeleon 的无缝连接。